十字（交叉）路口的確是限制交通系統通行能力的關鍵因素，這個沒什么質疑的。
單從交叉路口的角度講，提高整個交通系統通行能力就有這么兩個辦法。。。
1 減少交叉路口數量
2 提高交叉路口通行質量

關于1的辦法其實就是要在規劃上嚴格遵守道路層級，盡量不要越級交叉： 作為承擔城市主要通行功能的主干道不要一個路口就能拐進小區。這應該就是題主所描述的問題。這種規劃的確不可取。

舉個蒸面栗子。

下面這張路網規劃示意圖，圖最下方是城市主干路（1級），主干路和居民區有且僅有一段支路（2級）相連（注意都有分隔帶）。

這個路網規劃的核心在于應該承擔居民區進出主干路的支路，是外環形態（external ring），主要的交通流量都在居民區之外，而非穿行。這樣居民區內部只有少量有進出需求的交通量，居民區內部的道路更多程度上承擔了停靠和活動功能。

有關2的辦法其實很多：
設立信號燈（這里得為信號燈正名，在國內大多數司機路權概念不明晰的現實下，信號燈真的太必要了）

立體交通等等